Jyväskylän ortodoksisen seurakunnan toiminnallinen keskus on Jyväskylässä osoitteessa Rajakatu 39 sijaitseva seurakuntakeskus, jossa sijaitsevat seurakunnan pääkirkon ja kirkkoherranviraston ohella seurakuntasalit ja muut toimitilat. Maakunnan alueella seurakunnan säännöllinen toiminta keskittyy kuuden tsasounan eli rukoushuoneen sekä Pyhäkankaan leirikeskuksen ympärille. Seurakunnan oman toiminnan ohella osaa tiloista vuokrataan myös ulkopuoliseen käyttöön.